创始人亨利·贾维斯·雷蒙德在大学时，就曾为格里利的报刊投稿，毕业后即成为格里利的首席助手，后来同格里利发生冲突，便离开《纽约论坛报》，另图发展。 在1851年，雷蒙德和乔治·琼斯分析纽约报界的情况后发现：《纽约太阳报》、《纽约先驱报》、《纽约论坛报》这三大便士报虽然都获成功，但《太阳报》和《先驱报》的新闻过于刺激，而《论坛报》又过于偏激。于是他决定创办一份纯正、议论平和的报纸，来打破当时在纽约盛行的花花绿绿的新闻报道方式。 1851年9月18日，《纽约每日时报》创刊，售价1美分。1857年9月14日改用《凯发网站纽约时报》，平日出90多版，星期日140版。1983年11月13日的一期星期日版达1572版，重量4.5千克多。发行量平日105.6万份，星期日164万份(1987)。 1869年，雷蒙德去世后，《纽约时报》的发行人由乔治·琼斯接替。在他主持期间，《纽约时报》揭露坦慕尼协会巨额贪污案，轰动一时。 1896年，阿道夫·奥克斯借了75，000元收购了濒于破产的时报，当时发行量约为9000份，负债30万且每周亏损2500多美元。奥克斯在接办《纽约时报》时就确定了时报的新闻报道原则：“力求真实，无畏无惧，不偏不倚，并不分党派、地域或任何特殊利益。” 他大胆地增刊扩版，在新闻报道上不惜投资，大量增加在当时颇为稀有的国际新闻内容。在他的领导下《纽约时报》获得了国际性的认可和声誉。虽然当时美西战争使得黄色新闻大行其道，但时报发行量依然到达8万2千余份。两年后，《纽约时报》的销售量就超过了10万份大关。1897年他提出了《纽约时报》的格言：“所有值得印刷的新闻”。这个格言被公认为对“黄色新闻界”的挑战。奥克斯要求出版一份严肃、庄重、富有教养的报纸提供给纽约精英阶层，同时也提出了一个针对黄色新闻的响亮口号：“报纸不该弄脏人们早餐的餐巾”。 1935年，奥克斯去世之后，其婿索尔兹伯格任发行人兼社长， 直至1961年。后为索尔兹伯格家族所有，与洛克菲勒财团关系密切。1969年起从家族企业变为股份公司，成为拥有多家美国报纸、杂志、电视台、广播电台和国外联合企业的大报团。 《纽约时报》第四代发行人是索尔兹伯格的独子，人称“彭区”的阿瑟·奥茨·索尔兹伯格，他励精图治，选拔麦森、罗森索等优秀编辑、经营人才，引进先进技术，开拓多元化经营。彭区在任30年，时报走出了濒临崩溃的困境，积累了雄厚的物质基础，1963年时报的总收入为1亿美元，到1991年，时报总公司的收入已达17亿美元，在这一过程中，《纽约时报》也完成了由家族式经营向市场式经营的转型。 1992年，经过多年培养后，彭区将时报发行人大印传给儿子小阿瑟·奥茨·索尔兹伯格。小阿瑟比父辈更追逐利润，他试图促成《纽约时报》平民化，使各种人群都能够接受，因此涉及“煽情新闻”，使得《时报》一度失去公众的信任。 2004年，报道伊拉克战争“情报门事件”挑战攻伊正当性。 2008年12月，受到次级房贷风暴和延伸的全球经济衰退影响，出现周转问题，将总部大楼抵押贷款。 2009年1月20日，向墨西哥富翁和电信巨头 Carlos Slim Helu借款2.50亿。 2009年3月9日，将新大楼的股份作价2.25亿出售回租(sale-leaseback agreement)。保留在2019年之前以2.50亿买回的权利。 2010年，为了维持盈利，《纽约时报》探索线上订阅等经营模式。 2012年6月28日，《纽约时报》中文网上线。网页版式与英文网站风格相对统一，并将《纽约时报》先进的数字化运营经验运用于中文网。 2012年8月14日，英国广播公司(BBC)前总裁马克·汤普森被任命为《纽约时报》新任执行总裁。 2014年3月26日，纽约时报公司公布了两个新的数字订阅模式，这两个新等级模式会提供给消费者新低价和溢价模式。